Wednesday, March 08, 2017

PacBio Sequel System


Sequel에 대한 자세한 내용은 Here 를 보시면 더 자세히
알수 있을 것이고...

2017년 3월 8일 기준 어제인 3월 7일 K호텔에서 PacBio 워크샵이 있었는데
Sequel 출시 이후 다양한 업그레이들이 진행되고 있었네요..

그리고 국내에 Sequel이 3?대인지는 모르겠으나 3개의 site에는 들어와서
데이터가 생산되고 있다능..

여튼 기존에 150만개 hole에서 생산되던걸 1천만개 hole에서 생산해서
생산량이 좀 되서 multiplexing이 된다는게 엄청나진 않지만 나름 진일보..

RSII는 생산량이 적은 관계로 multiplexing의 필요와 이유도 없었는데
Sequel은 RSII 6-7Cell을 한번에 돌리는거니깐 multiplexing이 필요해진듯
근데 multiplexing에 이용되는 barcode가 384개라는게 (Barcode 관련 웹페이지) ㅋ
모 종류가 384개지 이걸 꼭 다 써야하는건 아니니... 혹시 몰라서 여분의 barcode를... (여분이 좀 많은게.. ㅎㅎ)

저는 휴알못인 관계로 Non にんげん 기준으로 Sequel 장점은 3가지정도..

- de novo Bacteria는 Sequel에 5개 pooling해서 시퀀싱해도 나름 괜찮은 결과가 나올듯  물론 RSII 1 Cell과 Sequel 1 Cell과 가격을 비교해봐야겠지만..

- 곰팡이는 1 Cell만 돌려도 de novo하기에 충분한 output이 나오게된 상황 (대신 라이브러리를 2-3개 만들어서 pooling해서 sequencing). 가격을 봐야겠지만 곰팡이 community는 충분한 매리트가 생긴듯...

- Iso-seq은 RSII는 최소 3개 cell 가지고 시퀀싱써야했는데 이제 multiplexing되니깐 3종류 만들어서 Sequel 1 Cell에 넣어버리면 OK 된듯.. 3반복하려면 단지 3개 셀!! (이라고 쓰고 라이브러리는 3개 아닙니다 고갱님 ㅋ)

여튼 NovaSeq과 MinION이 계속 PacBio의 똥꾸멍을 찔러대고
투자자는 돈 회수하고 있어도 기술적으로 봤을때는
아직까지는 쓸만한...

그리고 현 시점에서 대한민국에 국한되어있지만
PacBio 인기가 시들하다고 할 수 있을까...
PacBio 시퀀싱 의뢰하면 지금이 3월 8일인데 4월 중순이후에야 raw data를 받을 수 있는 현실!!!

대규모 과제에서 PacBio sequencing 요청이나
누군가 휴먼급 genome을 RSII Only로 de novo을 하거나...
아님 둘 모두...

아놔 좀 큰놈들은 Sequel 쓰라고 Sequel 만들었는데 왜 RSII 쓰냐고 ㅋ


No comments: