Wednesday, February 08, 2017

rRNA prediction tools

모 bacteria 업자라면 알고 있었을 법한 얘기하나.

Bacteria annotation tool인 prokka를 몇번 사용하면서
rrna가 예측 안되는 문제가 있어서 pacbio assembly를 의심 한 적이 있었지만
이건 나의 어리석은 생각이었고 그냥 prokka의 rnammer가 바보였다는것.

그래서 틈틈이 찾다가
ppap와 얼핏 비슷해 보이는 barrnap를 득템


https://github.com/tseemann/barrnap

일단 한번 써보시라는!!

NCBI의 PGAP 결과와 상당히 유사한것을 확인 할 수 있었다.

결론은 rRNA 예측은 barrnap로
그러나 나는 ncbi PGAP가 좋아요 냠냠 :)

No comments: